A zöld gyíknak, mint minden sárkánynak, számos ellenséggel kell szembenéznie. A zöld környezetben kiválóan rejtőzködik, de élénk neonzöld színe csak a hozzá hasonló színű helyeken védelmezi.
A hímek párzáskor felvett kobaltkék színű torka különösen feltűnő, ezért hamar kiszúrják egymást és a közeli zöld gyík hölgy kegyeiért ha kell, megküzdenek egymással. Ezen küzdelmek nyomai gyakran láthatóak a hímek testén.
Amennyiben a zöld gyík lakott területen, hobbi kertben él, a második ellensége a házi macska. A macska játékként tekint a gyíkokra, akár az egérre, a vadon élő kóbormacskák azonban nem csak elkapják a gyíkot, hanem el is fogyasszák azt, akár a rágcsálókat.
A zöld gyík további, kerten kívüli ellenségei a süni, a nyest, a rézsikló, a vörös vércse, az egerészölyv és a gólya. A gólya köztudottan békát eszik. Ha jobban belegondolsz, a zöld gyík majdnem béka, ezért nem is olyan meglepő, hogy a gólya táplálékaként szolgál.
A zöld gyík legnagyobb ellensége az ember, hiszen a hüllők fő táplálékát jelentő bogarak és rovarok nagy számban pusztulnak el a különböző vegyszerektől.
